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健保費扣款原則如下：
1、健保費扣款，以「月」為單位。
2、當月份，只要是「加保(轉入)」者，即需扣全月保費。
3、當月份，只要是「退保(轉出)」者，即免扣全月保費，若轉出日為該月份最後一日者，即應扣全月保費(例：3/31退保(轉出)，即扣全月保費，若3/30退保(轉出)，即不扣全月保費。)
4、當月份，若同時「加保(轉入)」和「退保(轉出)」，即需扣全月保費。
5、當月份，若在不同投保單位有「加保(轉入)」和「退保(轉出)」，僅以第一個投保單位扣全月保費。---->若同仁有特別告知，即依其基準扣款，若同仁未告知，即仍依1~4原則扣款，於下月收到健保明細時，再多退少補給同仁即可。
6、可依投保金額分級表計算保費，「眷屬人數」，超過3口的以3口計算。
7、健保費計算：
(1)投保單位負擔金額=投保金額*保險費率*負擔比例(60%)*(本人+平均眷口數)。
(2)個人負擔金額=投保金額*保險費率*負擔比例(30%)。
(3)政府補助金額=投保金額*保險費率*負擔比例(10%)*(本人+平均眷口數)。
8、舉例：102年度，小明薪資30,000，依投保級距來看，落在28,800和30,300的級距之間，投保金額不得低於級距，故小明的投保金額以30,300為準，而小明扶養眷屬有4人(明爸、明媽、明爺、明奶)，(PS：102年度保險費率為4.91，本人1+平均眷口數0.7)，健保費計算：
(1)投保單位需負擔：30,300*4.91%*60%*(1+0.7)=1,517
(2)小明(個人)需負擔：30,300*4.91%*30%=446*4人=1,784(健保費扣款最高只扣款4人，超過的部份，即不用扣款)
(3)政府補助金額：30,300*4.91%*10%*(1+0.7)=253

PS：二代健保補充保費，非屬上列健保費計算之薪資投保級距範圍，是健保局額外有規定要繳納的健保費=>即所屬投保單位於每次給付個人「獎金」(非上列薪資投保級距內之本薪、加給、津貼)時，均應計算其全年累計給付獎金金額有否超過給付當月被保險人之投保金額4倍，並就超過4倍部份，予以計收2%的補充保費。